Πολυάριθμα μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών σε ένα ευρύ φάσμα επιστημονικών πεδίων εντάσσει το Ιόνιο Πανεπιστήμιο στο νέο ακαδημαϊκό έτος και συγκεκριμένα από τις παρακάτω πέντε Σχολές του:

Σχολή Ανθρωπιστικών Επιστημών
– Ιστορία και Τεκμηρίωση https://history.ionio.gr/postgraduate/documentation/
– Μεθοδολογία Κριτικής και Έκδοσης Ιστορικών & Αρχειακών Πηγών
https://history.ionio.gr/postgraduate/methodology/
– Ιστορική Έρευνα, Διδακτική & Νέες Τεχνολογίες https://history.ionio.gr/postgraduate/hdnt/
– Επιστήμη της Μετάφρασης https://dflti.ionio.gr/sot/
– Πολιτική, Γλώσσα & Διαπολιτισμική Επικοινωνία https://dflti.ionio.gr/polico/

Σχολή Επιστήμης της Πληροφορίας και Πληροφορικής
– Διαχείριση & Ανάδειξη Πολιτιστικής Πληροφορίας https://ilam.ionio.gr/motif/
– Διαχείριση Ψηφιακής Πληροφορίας – Υπηρεσίες Πληροφόρησης
http://dimis.ilam.ionio.gr/pms-dimis/
– Ψηφιακές εφαρμογές και Καινοτομία https://di.ionio.gr/pmsdigappinnov/  
– Ψηφιακές Υπηρεσίες Υγείας και Αναλυτική https://di.ionio.gr/mschealth/
– Βιοπληροφορική & Νευροπληροφορική
https://di.ionio.gr/gr/studies/postgraduate-studies/bioinformatics-and-
neuroinformatics/
– Νέα Μέσα Επικοινωνίας & Ψηφιακό Μάρκετινγκ https://dmc.ionio.gr/nmc/

Σχολή Μουσικής & Οπτικοακουστικών Τεχνών
– Οπτικοακουστικές Τέχνες https://avarts.ionio.gr/ada
– Τέχνες & Τεχνολογίες του Ήχου https://music.ionio.gr/sonarts/

– Μουσική Παιδαγωγική https://music.ionio.gr/pedagogy/

Σχολή Περιβάλλοντος
– Νέες Τεχνολογίες για την Περιβαλλοντική Εκπαίδευση & την Βιώσιμη Ανάπτυξη
https://envi.ionio.gr/n-tees/
– Διατήρηση & Διαχείριση Πολιτισμικής Κληρονομιάς https://envi.ionio.gr/preserv-ch/

Σχολή Οικονομικών Επιστημών
– Ψηφιακές Τεχνολογίες στη Διοίκηση Φιλοξενίας & τον Τουρισμό https://tourism.ionio.gr/ditour/

Το Ιόνιο Πανεπιστήμιο παρέχει στους μεταπτυχιακούς φοιτητές:
– Μονοτμηματικά, διατμηματικά και διιδρυματικά προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών, με μοναδικά χαρακτηριστικά σε ένα ευρύ φάσμα αντικειμένου σπουδών – ανθρωπιστικές επιστήμες, τέχνες, τεχνολογία
– Διδακτορικές και μεταδιδακτορικές σπουδές
– Συνεργασία με αναγνωρισμένα Ιδρύματα του εξωτερικού
– Συνεχή αναμόρφωση με βάση τις απαιτήσεις της σύγχρονης αγοράς εργασίας
– Πρωτοπόρα ερευνητικά εργαστήρια με διαρκή επένδυση στην έρευνα – βασική και εφαρμοσμένη
– Φιλικές δομές και υπηρεσίες υποστήριξης φοιτητών